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长期以来，我国多数总承包单位擅长承接工程设计或施工任务。实行工程总承包，对建设单位和总承包单位的综合素质均提出更高要求。
（1）道德风险高。由工程总承包单位同时负责工程设计与施工，与传统的DBB模式相比，建设单位对项目的控制要弱一些，有可能会发生工程总承包单位为节省资金而采取一些不恰当行为。同时，由于建设单位倾向于将大量风险转移给工程总承包单位，因此，当风险发生且导致损失时，工程总承包单位有可能通过降低工程质量等行为来弥补其损失。
（2）建设单位前期工作量大。由于工程总承包单位的技术水平和职业道德将直接影响到工程成败，因此，建设单位为慎重选择工程总承包单位，不得不在招标和评标阶段花费大量时间和精力对投标单位进行评审，这使得项目初期投入将会加大。
（3）工程总承包单位报价高。工程总承包单位为应对工程实施中增加的风险，可能会提高报价，导致整个工程造价增加。